W twórczości Lessla można wydzielić dwa etapy: pierwszy to okres pobytu w Wiedniu (i studia u Josepha Haydna) i pierwsze lata po powrocie do kraju - wtedy powstała większość utworów instrumentalnych; drugi obejmuje lata po roku 1815, kiedy Lessel komponował głównie utwory religijne (wokalno-instrumentalne) oraz nieliczne kameralne.

Większość utworów Franciszka Lessla - zwłaszcza wokalno-instrumentalnych, orkiestrowych i kameralnych - pozostała w rękopisach, wiele zaginęło. W XIX w. wydawano je wyłącznie za życia kompozytora w Austrii, Niemczech, niekiedy również w Anglii, Francji. Wykonywane były także jedynie za życia kompozytora, przede wszystkim w Polsce, i cieszyły się uznaniem krytyki.

Franciszek Lessel tworzył w stylu klasycznym, pisał symfonie, uwertury, wariacje, kwartety, sonaty, msze. Z sześciu symfonii zachował się jedynie finał Symfonii g-moll z 1805 r. wydany jako Finale molto presto g-moll na podstawie rękopisu z Biblioteki Gesellschaft der Musikfreunde w Wiedniu, przechowywanego w Bibliotece Warszawskiego Towarzystwa Muzycznego im. Stanisława Moniuszki w Warszawie, w opracowaniu S. Śledzińskiego (1930) oraz M. Negreya i P. Zabielskiego (2017).